淮安市是13個設區市中左氧氟沙星耐藥率最高的城市，耐藥率為66.7%。揚州市克拉霉素耐藥率最高，為69.6%。鹽城市是阿莫西林和呋喃唑酮耐藥率最高的城市，分別為2.3%、20.9%。不同城市的耐藥情況差異提示，每個地區甚至每個人感染的幽門螺桿菌菌株不同，個體用藥史及地方用藥習慣也存在差異，所以HP感染者接受根除治療時，如果能獲得個人的幽門螺桿菌耐藥情況，選擇敏感抗生素，避開已知耐藥的抗生素，理論上可以極大提升首次根除的成功率。專家指出在幽門螺桿菌根除方面，了解抗生素耐藥情況非常重要。不同的地區耐藥情況及相應治療是不一樣的，采用經驗性治療根除效果會有差異。耐藥問題也是阻礙這個疾病防控的主要方面。75%的成年感染者攜帶“強毒株”全省范圍內，成人感染者攜帶的HP菌株中強毒株比例為75.6%，兒童感染者攜帶的HP菌株中強毒株比例為60.5%。存在某些特定毒力因子的幽門螺桿菌菌株，能夠助其定植在人的胃部并長期生存，甚至誘導腸分化和腸上皮化生，導致疾病發展至癌變不可逆階段。省內強毒株占比較大，更應引起重視，個人感染后應配合醫生積極進行根除治療。